Integração API: preciso criar um aplicativo diferente para cada empresa que vou integrar?

Não. Um único aplicativo criado no Portal do Desenvolvedor pode ser autorizado por quantas contas do Conta Azul Pro forem necessárias. 

Não existe limite de contas por aplicativo. O aplicativo é o meio para obter o token de acesso de cada empresa, você autentica cada empresa separadamente no fluxo OAuth 2.0 e armazena os tokens individualmente.